Phytools

phytools
Vývojář Liam J. Revell
První vydání 2012
Aktuální verze 0.7-03 (21.8. 2019)
Vyvíjeno v R
Typ softwaru balíček statistického programu R
Licence GPL
Web http://github.com/liamrevell/phytools, http://blog.phytools.org
Některá data mohou pocházet z datové položky.

Phytools (rozříšený název zní phytools: An R package for phylogenetic comparative biology (and other things)) je soubor programů pro fylogenetické analýzy ve statistickém programovacím jazyku R.

Základní informace

Soubor programů phytools v programovacím jazyku R je určen pro výpočty různých fylogenetických analýz. Práce s fylogenetickými daty v prostředí R se rozmohla po vytvoření souboru programů Ape (Analysis of Phylogenetics and Evolution) R package.[1] Na jehož bázi také soubor programů phytools funguje, stejně tak jako další balíčky – phangorn a geiger.[2] Samotný soubor programů phytools byl vyvinut až v roce 2012 a nabízí širší funkční využití než výše zmíněné. Balíček může běžný i pokročilý uživatel spustit v programu R i v dalších grafických rozhraních (R Studio, RKWard, R commander). Před prvním užitím se samozřejmě uživatel může uchýlit k vyvolání příkazu —helpphytools, kde uživatel dostane přehled příkazů, které balíček phytools umí. Stejně tak se může uživatel obrátit do podprobného manuálu, kde najde zhubra 172 příkazů/funkcí.[3]

Funkce

Statistické funkce

Díky více než sto funkcím a příkazů lze vykonat s fylogenetickými daty a stromy mnoho analýz a také grafických úprav. Z celé řady lze jmenovat výpočet ancestrální strategie (pomocí příkazu anc.trend). Díky metodám založeným na metodě maximum likelihood ze studovat změny ve znacích, které probíhaly během evoluce (příkazy – brownie.lite, evol.vcv, fitDiversityModel a phylosig). Také umí analyzovat tzv. “rate shift” neboli úrovně přeskoků/změn ve znacích na fylogenetickém stromě (evol.rate.mcmc). Pro testování statistických hypotéz ve fylogenetickém kontextu má též několik funkcí (příkazy – phyl.cca, phyl.pairedttest, phyl.pca a phyl.resid). V neposlední řadě také s tímto balíčkem mohou být vypočítány fylogenetické stromy pomocí přístupů parsimony supertree estimation (příkaz – mrp.supertree) a least-squares phylogeny inference (příkaz – optim.phylo.ls), také dokáže vypočítat matice pro další výpočty fylogenetických stromů v jiných programech.[2]

Grafické funkce

Balíček nabízí mnohé grafické úpravy fylogenetických stromů, většinu typů lze najít v článku o grafických metodách[4] a blogu vývojáře, kde má více než tisíc článků.[5]) Nicméně k základním možnostem, které balíček nabízí, patří zabarvování větví se společným předkem, 2D prostorové mapování znaku a času, může být mapováno i v 3D prostoru za spoluužití s balíčkem rgl. Lze projektovat a propojovat větve z fylogenetického stromu s mapou a geografickým prostorem (příkaz – geo.legend).[2]

Závěr

V současnosti se nachází všechny podrobné informace na stránce balíčku na doméně GitHub[6] a na svém webu autor pravidelně přidává pravidelně spoustu rad a návodů k výpočtu různých fylofenetických analýz a grafických zpracování fylogenetických stromů. Balíček se mezi evolučními biology a fylogenetiky těší oblibě, doposud byl původní článek z roku 2012[2] citován podle GoogleScholar 2783× a po zadání hesla “phytools” v Google scholar dostaneme přes 3600 výsledků (k 31.8. 2019).

Reference

  1. ↑ STRIMMER, Korbinian; CLAUDE, Julien; PARADIS, Emmanuel. APE: Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language. Bioinformatics. 2004-01-22, roč. 20, čís. 2, s. 289–290. Dostupné online [cit. 2019-09-04]. ISSN 1367-4803. DOI 10.1093/bioinformatics/btg412. (anglicky) 
  2. ↑ a b c d REVELL, Liam J. phytools: an R package for phylogenetic comparative biology (and other things). Methods in Ecology and Evolution. 2012, roč. 3, čís. 2, s. 217–223. Dostupné online [cit. 2019-09-04]. ISSN 2041-210X. DOI 10.1111/j.2041-210X.2011.00169.x. (anglicky)  Archivováno 16. 6. 2020 na Wayback Machine.
  3. ↑ Package ‘phytools’ [online]. [cit. 2019-09-04]. Dostupné online. 
  4. ↑ REVELL, Liam J. Graphical Methods for Visualizing Comparative Data on Phylogenies. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg Dostupné online. ISBN 9783662435496, ISBN 9783662435502. S. 77–103. 
  5. ↑ Phylogenetic Tools for Comparative Biology [online]. [cit. 2019-09-04]. Dostupné online. 
  6. ↑ Contribute to liamrevell/phytools development by creating an account on GitHub. github.com [online]. 2019-08-27 [cit. 2019-09-04]. Original-date: 2015-08-18T19:42:41Z. Dostupné online. 

Zdroj